Mismunur á heildar erfðamengi og röð haglabyssu

Hvað eru raðgreiningar á allri erfðamengi og raðgreiðslu byssu?

Þetta eru aðferðir sem notaðar eru við mat og DNA röð erfðamengis lífveru í einu.

Líkindi

Líkindi milli raðgreiningar á allri erfðamengi og röðun haglabyssu fela í sér;

  • Báðir taka þátt í að raðgreina Deoxyribonucleic Acid brot
  • Báðar aðferðirnar fela í sér erfðafræðilega sundrungu
  • Báðar aðferðirnar nota stafræna tækni og eru byggðar á tölvu
  • Báðar aðferðirnar gegna mikilvægu hlutverki í rannsóknum og í sameindagreiningu

Heildar erfðamengi

Raðgreining á heilu erfðamengi (WGS) er ítarleg tækni til að rannsaka alla erfðaefni Deoxyribonucleic acid röð frumu í einu.

Röðun erfðamengis í heild varð aðgengileg eftir útgáfu Human Genome Project, sem veitti tilvísun í erfðamengi manna.

Haglabyssuröð

Röðun haglabyssu felur í sér óskipulagða skiptingu Deoxýribonucleic sýru sem brýtur upp Deoxyribonucleic acid röð í fullt af litlum brotum og setur þá saman aftur (röðin) með því að reikna út svæði skörunarinnar.

Mismunur á röðun erfðamengis í heild og haglabyssu

Lýsing

Heildar erfðamengi

Röðun erfðamengis í heild (WGS) er fyrirkomulag í einu þrepi. Í þessari tækni fer allt erfðamengið (haploid mengi litninga í örveru) fyrst fram. Eftir þetta fer hvert þessara pínulitla brothættu skeri í gegnum tilskipunarferli af handahófi. Þegar þessu fyrirkomulagi eða raðgreiningu er lokið fer greiningin fram. Það er útrýmingu á skarandi raðgreiningarferli þegar mat á fyrirkomulagi/raðgreiningum er háttað og matið er ekki skipuð tækni. Þess vegna er samsetning raða minna árangursrík og skilvirkt ferli. Hins vegar er ferlið við að raðgreina allt erfðamengi hraðar og mat á öllu erfðamenginu (haploid mengi litninga í örveru) getur átt sér stað í einu tilviki.

Haglabyssuröð

Röðun haglabyssu er rannsóknarstofuaðferð til að meta Deoxyribonucleic sýru röð erfðaefnis lífveru (erfðamengi). Tæknin felur í sér að brjóta erfðaefni lífverunnar í örsmá Deoxyribonucleic sýru brot sem tákna einstaka raðgreiningu.

Notar

Heildar erfðamengi

  • Nýfæddur og barnasjúkdómur - Dregur frá uppbyggingarafbrigðum og skannar exonic svæði sem ekki eru tekin á viðeigandi hátt.
  • Lyfjapróf og lyfjahvörf-WGS býður upp á gagnlegt framhliðakerfi fyrir klínískar rannsóknir, sem hjálpa til við að flokka einstaklinga (sjúklinga) á grundvelli viðbragða þeirra við lyfinu eða lyfinu sem verið er að rannsaka.
  • Reglugerðarbreytingar og eQTL
  • Sjaldgæfar sögusagnir - WGS er rétt aðferð til að rannsaka sjaldgæf æxli. Tæknin hjálpar til við að rannsaka og fanga allt svið stökkbreytinga, allt frá breytingum á einum basa (einn grunnur í Deoxyribonucleic sýru er frábrugðinn venjulegum basa í þeirri stöðu) yfir í stærri litningamyndanir, í einu sinni tilraun.
  • Clan Genomics - Family Disease Pedigrees - bankar á margföld ættbækur frá fjölskyldum sem hafa áhrif á erfðafræðileg vandamál.
  • Stórir árgangar með víðtækri svipgerð

Haglabyssuröð

  • Rannsakar Deoxyribonucleic sýru röð erfðamengis lífveru.
  • Skilvirk aðferð til að óbeint raðgreina ribonucleic sýru eða prótein (í gegnum opna lestrarramma þeirra)
  • Besta aðferðin fyrir allar aðrar gerðir haploid litninga í raðgreiningu örvera. Heildar haploid safn litninga margra lífvera, - kýr, kjúklingur, rotta, planta Arabidopsis thaliana, pufferfish og margar smásjá lífverur hafa verið raðgreindar í kjölfar þessarar tækni.
  • Næstum lokið og næstum endanlega de novo samsetningar af örverum erfðamengi á mjög færri dögum
  • Krafturinn til að raða stórum, flóknum erfðamengi
  • GS FLX+ Kerfislestarlengd allt að 1 kb
  • Framkvæma blendinga samsetningar

Skref

Heildar erfðamengi

  • Búa til raðgreiningu les beint úr heila -erfðamengi (haploid sett af litningum í örveru) geymslu
  • Notkun reikniaðferða til að setja saman aftur í einu skrefi
  • Notað fyrir ávaxtaflugu (Drosophila Melanogaster) og af Celera Genomics (þróað 1998) fyrir erfðamengi manna (haploid sett af litningum í örveru)

Haglabyssuröð

  • Skref í röðun haglabyssu eru;
  • Bókasafn undirbúningur
  • Raðgreining á cfDNA brotum
  • Brotatalning
  • Röðun röð
  • Tölfræðileg greining og skýrsla.

Samantekt

Munirnir á röðun á allri erfðamengi og raðgreiðslu byssu hafa verið dregnar saman eins og hér að neðan:

Röðun erfðamengis í heild Vs Haglabyssu raðgreining

Nýjustu færslur eftir Dr. Amita Fotedar -Dr ( sjá allt )

Sjá meira um: ,